Từ ngày 01/07/2025, nhiều quy định pháp luật về thuế, kê khai bổ sung chính thức có hiệu lực, tác động trực tiếp đến cách doanh nghiệp thực hiện kê khai bổ sung. Đặc biệt, các kế toán cần nắm vững 10 điểm mới quan trọng về thời hạn kê khai, cách xử lý hóa đơn đầu vào bị bỏ sót và những thay đổi liên quan đến hóa đơn điện tử để đảm bảo tuân thủ và tránh những rủi ro không đáng có.
1.Phạm vi áp dụng thời điểm
Từ 01/07/2025, nhiều quy định mới về kê khai thuế GTGT, kê khai bổ sung và xử lý hóa đơn đầu vào/đầu ra chính thức có hiệu lực, do ảnh hưởng của Luật Thuế GTGT sửa đổi, Luật Quản lý Thuế và Nghị định 70/2025. Điều này thay đổi cơ chế kê khai và thời hạn kê khai bổ sung so với trước đây.
2. Thời hạn kê khai bổ sung kéo dài (10 năm) nhưng có điều kiện
Người nộp thuế được kê khai bổ sung trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ có sai sót, tuy nhiên phải thực hiện trước khi cơ quan thuế ban hành quyết định thanh tra, kiểm tra (hoặc ngoài phạm vi thời kỳ thanh kiểm tra theo quyết định). Đây là điểm then chốt giúp người nộp thuế có thời gian điều chỉnh nhưng vẫn có điều kiện bảo đảm quản lý.
3. Cách xử lý hóa đơn đầu vào bị bỏ sót (kê khai vào kỳ phát hiện)
Theo quy định mới, nếu phát hiện bỏ sót hóa đơn đầu vào, doanh nghiệp kê khai vào kỳ phát hiện (không bắt buộc phải kê khai vào kỳ phát sinh ban đầu), tức là điều chỉnh số thuế GTGT được khấu trừ theo kỳ mà doanh nghiệp phát hiện sai sót. Việc này làm thay đổi cách hạch toán, luân chuyển tín dụng thuế GTGT.
4. Hậu quả về thuế phải nộp và hoàn thuế
Kê khai bổ sung có thể làm tăng hoặc giảm số thuế phải nộp (tùy sửa tăng đầu ra hay tăng đầu vào). Với trường hợp hoàn thuế, Luật Thuế GTGT 2024 có bổ sung các quy định về điều kiện hoàn, ngưỡng và thời hạn; doanh nghiệp cần đối chiếu kỹ khi kê khai bổ sung dẫn đến yêu cầu hoàn thuế.
Xem thêm:
>> Cách Kê Khai Thuế Cho Thuê Tài Sản Online – Kèm Hướng Dẫn Chi Tiết
5. Xử phạt vi phạm liên quan kê khai bổ sung
Nếu khai sai nhưng không thiếu số thuế phải nộp, mức phạt hành chính vẫn có thể áp dụng (mức phạt hành chính nhỏ nhưng khác nhau theo đối tượng tổ chức/cá nhân); nếu thiếu thuế phải nộp thì ngoài phạt còn phải nộp bổ sung tiền thuế, tiền chậm nộp theo quy định. Vì vậy kê khai bổ sung cần kèm công tác kiểm tra, điều chỉnh đúng và kịp thời để giảm rủi ro xử phạt.
6. Tương quan với Nghị định 70/2025 về hóa đơn điện tử
Nghị định 70/2025 (hiệu lực 01/06/2025) sửa đổi nhiều điểm liên quan hóa đơn, chứng từ — trong đó có quy định về việc ủy nhiệm lập hóa đơn, kết nối hóa đơn điện tử với cơ quan thuế, và việc quản lý hóa đơn đầu vào/đầu ra. Khi kê khai bổ sung liên quan hóa đơn, doanh nghiệp phải đảm bảo hóa đơn điện tử đã được lưu trữ, kết nối và đối chiếu đúng theo quy định mới.
7. Điều kiện kê khai bổ sung liên quan thanh tra, kiểm tra
Kê khai bổ sung được phép trong phạm vi chưa nằm trong quyết định thanh tra/kiểm tra; nếu sai sót thuộc kỳ đã/đang bị thanh tra, kiểm tra theo quyết định thì người nộp thuế không được tự ý khai bổ sung để tránh trốn tránh trách nhiệm. Vì vậy cần kiểm tra xem kỳ phát hiện sai sót có nằm trong quyết định thanh tra/kiểm tra hay không trước khi lập hồ sơ bổ sung.
8. Hướng dẫn kê khai, chứng từ kèm theo
Khi kê khai bổ sung phải chuẩn bị hồ sơ, chứng từ chứng minh sai sót (hóa đơn, hợp đồng, biên bản đối chiếu, chứng từ thanh toán…) và làm thủ tục điều chỉnh trên Cổng Thuế điện tử/HTKK/ứng dụng kê khai theo quy trình mới. Lưu ý Nghị định 70 và các Thông tư hướng dẫn có yêu cầu về định dạng, thông tin hóa đơn điện tử – kế toán cần đối chiếu trước khi gửi tờ khai bổ sung.
>>> Quan tâm ngay kênh Zalo OA của FastCA để cập nhật những thông tin mới nhất về Thuế, Kế toán và nhận những CTKM siêu hot nhé!
9. Ảnh hưởng đến luồng tiền & kế toán quản trị
Khai bổ sung làm thay đổi số thuế phải nộp hoặc số thuế GTGT được khấu trừ/hoàn, ảnh hưởng trực tiếp tới dòng tiền (tiền nộp NSNN / tiền hoàn). Kế toán cần phối hợp với tài chính để dự báo dòng tiền, tránh trường hợp bổ sung làm phát sinh nợ thuế bất ngờ hoặc lỡ thời hạn nộp phạt/chậm nộp. (Thực tiễn áp dụng Nghị định 70 và Luật GTGT mới khiến kế toán phải chặt chẽ hơn trong kiểm soát hóa đơn).
10. Khuyến nghị thực hành cho Kế toán (Checklist)
– Kiểm tra ngay khi phát hiện sai sót: xác định kỳ, xác định đã/đang trong phạm vi thanh tra hay không.
– Nếu là hóa đơn đầu vào bỏ sót: kê khai vào kỳ phát hiện và giữ chứng từ đầy đủ.
– Chuẩn bị hồ sơ chứng minh trước khi nộp tờ khai bổ sung (hóa đơn, hợp đồng, biên bản).
– Tính tiền thuế bổ sung, tiền chậm nộp và rủi ro phạt; tham vấn chuyên gia nếu số tiền lớn.
– Đối chiếu trạng thái hóa đơn điện tử với dữ liệu Tổng cục Thuế, đảm bảo hóa đơn đã được kết nối theo Nghị định 70
Những quy định mới về kê khai bổ sung sau 01/07/2025 mang lại cả cơ hội lẫn thách thức cho kế toán. Mặc dù thời hạn kê khai được kéo dài, nhưng đi kèm với đó là yêu cầu về sự chủ động, kịp thời và chính xác cao hơn. Việc nắm vững 10 điểm mới trên, đặc biệt là mối liên hệ với Nghị định 70/2025, sẽ giúp bạn làm chủ công việc, giảm thiểu rủi ro và đóng góp vào sự ổn định tài chính của doanh nghiệp.
Giải pháp chữ ký số FastCA giúp doanh nghiệp kê khai và nộp hồ sơ nhanh chóng, chính xác, an toàn – đồng hành cùng kế toán trong giai đoạn chuyển đổi số thuế. Hiện tại, FastCA đang có chương trình ưu đãi lên tới 30%, đăng ký ngay tại: https://khuyenmai.fastca.vn/nha-cung-cap-chu-ky-so-fastca
