Trong bối cảnh chuyển đổi số mạnh mẽ, Thông tư 51/2025/TT‑BTC ngày 24/6/2025 quy định rõ về giao dịch thuế điện tử đối với hàng hóa xuất nhập khẩu. Việc nộp thuế thông qua Cổng thanh toán điện tử hải quan là bước tiến quan trọng nhằm đảm bảo tính minh bạch, nhanh chóng và chính xác trong quản lý tài chính. Bài viết dưới đây sẽ hướng dẫn chi tiết từng bước nộp thuế theo đúng quy định pháp luật, giúp doanh nghiệp thực hiện nhanh – đúng – hiệu quả.
>>> Xem thêm: Hướng Dẫn Nộp Tờ Khai Thuế Quý 2/2025 Online: Chi Tiết Từ A-Z
Hướng dẫn thủ tục nộp thuế điện tử qua Cổng thanh toán điện tử hải quan theo Thông tư 51/2025/TT-BTC
Ngày 24/6/2025, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 51/2025/TT-BTC nhằm quy định chi tiết quy trình thực hiện giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh và phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh. Một trong những nội dung quan trọng được đề cập là thủ tục nộp thuế điện tử qua Cổng thanh toán điện tử hải quan, cụ thể như sau:
1. Lập chứng từ nộp thuế điện tử
Người nộp thuế thực hiện các bước như sau:
- Truy cập Cổng thanh toán điện tử hải quan để tra cứu các khoản thuế cần nộp và chọn khoản tương ứng. Hệ thống sẽ hỗ trợ tạo Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước (NSNN) theo mẫu quy định tại Nghị định 11/2020/NĐ-CP.
- Sau khi kiểm tra thông tin, người nộp thuế lựa chọn ngân hàng, tổ chức trung gian thanh toán hoặc Kho bạc Nhà nước để thực hiện trích tiền và ký số để hoàn tất việc yêu cầu thanh toán.
Một số tình huống cụ thể:
- Nếu có nhiều khoản thuế phải nộp vào các tài khoản thu khác nhau, phải lập từng giấy nộp tiền riêng biệt cho từng tài khoản.
- Nếu khoản phải nộp chưa hiển thị trên Cổng thanh toán điện tử hải quan, người nộp thuế có thể chủ động khai báo thông tin và tiến hành lập chứng từ theo quy định.
- Trong trường hợp cần nộp phí hải quan hoặc lệ phí phương tiện quá cảnh cho nhiều tờ khai, có thể sử dụng mã tờ khai đại diện “9999999999” (10 số 9) để tổng hợp và thực hiện ký số thanh toán.
2. Quy trình xử lý chứng từ tại Cổng thanh toán điện tử hải quan
Sau khi người nộp thuế lập chứng từ:
- Hệ thống tự động sinh mã số hoặc mã vạch trên chứng từ và gửi thông tin sang ngân hàng, tổ chức trung gian hoặc Kho bạc Nhà nước đã được lựa chọn.
- Sau khi tiếp nhận thông tin, các đơn vị thanh toán thực hiện trích tiền từ tài khoản người nộp thuế, chuyển vào tài khoản ngân sách nhà nước (NSNN) và đồng thời gửi xác nhận lại cho Cổng thanh toán điện tử hải quan. Chứng từ nộp thuế được cấp cho người nộp ngay sau khi giao dịch hoàn tất.
- Trường hợp việc trích tiền không hoàn tất trong ngày, đơn vị thanh toán phải chuyển khoản trước 10h sáng hôm sau. Vào ngày làm việc cuối năm, mọi hạch toán và truyền chứng từ phải được thực hiện trong ngày.
Nếu tài khoản không đủ tiền hoặc có lỗi dữ liệu, hệ thống sẽ gửi thông báo để người nộp thuế điều chỉnh và phản hồi về kết quả không thành công.
3. Kiểm tra và đối chiếu dữ liệu nộp thuế
Cổng thanh toán điện tử hải quan sẽ tự động đối chiếu thông tin từ ngân hàng/Kho bạc với dữ liệu chứng từ đã lập:
- Nếu khớp dữ liệu, hệ thống hải quan sẽ tự động cập nhật, hạch toán khoản nợ, xác nhận nghĩa vụ thuế đã hoàn thành và tính lãi chậm nộp nếu có.
- Trường hợp nộp phí/lệ phí cho nhiều tờ khai, hệ thống sẽ ưu tiên trừ nợ theo thứ tự thời gian xa nhất trước.
- Nếu thông tin không khớp, hệ thống sẽ từ chối cập nhật, gửi mã lỗi cho ngân hàng hoặc tổ chức thanh toán để chỉnh sửa. Sau khi sửa đúng, hệ thống sẽ tiếp tục xử lý và xác nhận nghĩa vụ thuế.
4. Vai trò của Kho bạc Nhà nước và ngân hàng ủy nhiệm thu
Khi ngân hàng ủy nhiệm thu chuyển tiền, Kho bạc Nhà nước sẽ:
- Hạch toán số tiền vào tài khoản NSNN theo quy định pháp luật về ngân sách;
- Gửi bảng kê chứng từ nộp thuế cho cơ quan hải quan để cập nhật.
5. Cập nhật thông tin tại hệ thống kế toán thuế hải quan
Ngay sau khi Kho bạc Nhà nước hoàn tất việc hạch toán và gửi dữ liệu về Bộ Tài chính, hệ thống kế toán thuế tập trung của cơ quan hải quan sẽ cập nhật thông tin và thực hiện thanh toán với NSNN đúng quy định.
6. Xử lý tình huống hệ thống gặp sự cố
Nếu đường truyền có lỗi hoặc hệ thống gặp trục trặc, các đơn vị liên quan cần xử lý theo hướng dẫn cụ thể tại Điều 15 của Thông tư 51/2025/TT-BTC để đảm bảo việc nộp thuế không bị gián đoạn.
Trách nhiệm của cơ quan hải quan trong việc tra soát, điều chỉnh thông tin hạch toán và xử lý sai sót
Theo khoản 6 Điều 17 Thông tư 51/2025/TT-BTC, cơ quan hải quan có trách nhiệm thực hiện việc tra soát và điều chỉnh thông tin liên quan đến thu nộp ngân sách nhà nước trong một số tình huống cụ thể sau:
- Khi phát hiện sai sót từ phía Kho bạc Nhà nước, nếu khoản thu đã được hạch toán, trừ nợ, xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế hoặc đã hoàn tất thông quan, thì cơ quan hải quan nơi mở tờ khai cần lập văn bản đề nghị điều chỉnh. Văn bản này sẽ được gửi đến Kho bạc Nhà nước và cơ quan hải quan nơi người nộp thuế đã thực hiện nộp nhầm để kịp thời điều chỉnh thông tin thu nộp.
- Trường hợp nhận được bảng kê từ Kho bạc Nhà nước có sai sót về cơ quan thu hoặc nơi giữ tài khoản, cơ quan hải quan tiếp nhận bảng kê sẽ có trách nhiệm thực hiện tra soát và gửi văn bản đề nghị Kho bạc Nhà nước điều chỉnh chứng từ về đúng thông tin đơn vị thu hoặc đúng Kho bạc Nhà nước quản lý tài khoản.
- Đối với các khoản tạm thu ghi nhận tại tài khoản chờ xử lý, cơ quan hải quan phải rà soát, xác minh thông tin, bổ sung vào thư tra soát và gửi lại Kho bạc Nhà nước để tiến hành điều chỉnh phù hợp với thực tế hạch toán.
- Nếu có sai sót do phía ngân hàng hoặc đơn vị trung gian thanh toán chuyển thừa tiền, ngân hàng cần phối hợp với cơ quan hải quan nơi tiếp nhận khoản thu xác nhận lại thông tin, sau đó gửi Kho bạc Nhà nước để thực hiện hoàn trả khoản tiền thừa sau tra soát.
Các hành vi bị nghiêm cấm trong lĩnh vực hải quan
Theo quy định tại Điều 10 Luật Hải quan năm 2014, pháp luật nghiêm cấm nhiều hành vi nhằm đảm bảo sự minh bạch, hiệu quả trong công tác quản lý hải quan. Các hành vi bị nghiêm cấm được chia thành hai nhóm chính:
1. Đối với công chức hải quan
Công chức trong ngành hải quan tuyệt đối không được thực hiện các hành vi sau:
- Gây cản trở, phiền hà cho cá nhân, tổ chức khi thực hiện thủ tục hải quan;
- Bao che hoặc câu kết với các đối tượng buôn lậu, gian lận thương mại, vận chuyển hàng trái phép qua biên giới;
- Nhận hối lộ, chiếm giữ hoặc biển thủ hàng hóa đang tạm giữ;
- Thực hiện bất kỳ hành vi vụ lợi nào vi phạm quy định của pháp luật về hải quan.
2. Đối với người khai hải quan, tổ chức, cá nhân có liên quan
Các chủ thể liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu, xuất cảnh – nhập cảnh hàng hóa, phương tiện không được:
- Gian dối trong quá trình khai báo hải quan;
- Tham gia hoặc tiếp tay cho hành vi buôn lậu, vận chuyển hàng hóa trái phép qua biên giới;
- Gian lận về thuế hoặc thương mại;
- Đưa hối lộ, lợi dụng thủ tục để trục lợi cá nhân;
- Cản trở lực lượng hải quan thi hành nhiệm vụ;
- Xâm nhập trái phép hoặc can thiệp làm sai lệch hệ thống thông tin hải quan;
- Thực hiện các hành vi vi phạm pháp luật khác liên quan đến lĩnh vực hải quan.
Giải pháp tối ưu với chữ ký số FastCA
Trong toàn bộ quy trình nộp thuế điện tử, chữ ký số đóng vai trò xác thực và hoàn tất giao dịch. Việc sử dụng một giải pháp chữ ký số ổn định – bảo mật – dễ tích hợp là yếu tố then chốt đảm bảo thành công của doanh nghiệp trong quá trình kê khai và nộp thuế.
FastCA là một trong những nhà cung cấp chữ ký số uy tín tại Việt Nam, được Tổng cục Thuế – Tổng cục Hải quan – BHXH Việt Nam chấp nhận và tích hợp sẵn vào hệ thống. FastCA giúp doanh nghiệp:
- Ký số an toàn, nhanh chóng mọi lúc mọi nơi
- Tích hợp mượt mà với hệ thống eTax, iHaiQuan, VNACCS
- Hỗ trợ kỹ thuật chuyên nghiệp, thao tác dễ dùng kể cả với người mới
FastCA triển khai chương trình ưu đãi đặc biệt cho doanh nghiệp và hộ kinh doanh:
🎁 Chiết khấu lên tới 30% cho khách hàng mua mới/gia hạn/chuyển đổi gói chữ ký số bất kỳ
🚀 Hỗ trợ nộp thuế điện tử – hoàn thuế -ký hợp đồng online chỉ với 1 thiết bị
📌 Đăng ký ngay tại: https://khuyenmai.fastca.vn/nha-cung-cap-chu-ky-so-fastca
📞 Liên hệ Zalo OA để được tư vấn nhanh nhất: https://zalo.me/4027431816324838319
Việc thực hiện nộp thuế điện tử qua Cổng thanh toán điện tử hải quan theo quy định của Thông tư 51 giúp doanh nghiệp đảm bảo tính chính xác, minh bạch, tiết kiệm thời gian và chi phí. Đồng thời, sự giám sát tra soát và khả năng điều chỉnh sai sót từ phía cơ quan hải quan tạo nên một hệ thống thu thuế hiệu quả và đáng tin cậy. Việc tuân thủ nghiêm ngặt các quy định pháp luật, đồng thời tránh các hành vi bị nghiêm cấm, là điều kiện tiên quyết để doanh nghiệp hoạt động xuất nhập khẩu ổn định và bền vững.
Công ty Cổ phần chữ ký số FastCA
Địa chỉ: Tầng 3, tòa nhà Dolphin Plaza, số 28 Trần Bình, Phường Từ Liêm, Thành phố Hà Nội, Việt Nam
Email: info@fastca.vn
Zalo OA: https://zalo.me/4027431816324838319
Website: https://fastca.vn/
