Công Văn 15428/TCHQ-NVTHQ – Gỡ Rối Kịp Thời Bài Toán Hoàn Thuế GTGT Nhập Khẩu Nộp Thừa

Việc nộp thừa thuế GTGT nhập khẩu là tình huống khá phổ biến trong quá trình thông quan, khiến không ít doanh nghiệp loay hoay với thủ tục hoàn thuế. Trước những vướng mắc thực tiễn, Tổng cục Hải quan đã ban hành Công văn 15428/TCHQ-NVTHQ ngày 31/12/2023 nhằm hướng dẫn chi tiết về xử lý thuế GTGT nhập khẩu nộp thừa. Công văn không chỉ tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp mà còn chuẩn hóa quy trình xử lý hoàn thuế trong thực tế.

>> Tải ngay Công văn 15428/TCHQ-NVTHQ

Hướng dẫn xử lý thuế GTGT nhập khẩu nộp thừa theo Công văn 15428/TCHQ-NVTHQ

Ngày 21/7/2025, Tổng cục Hải quan đã ban hành Công văn số 15428/TCHQ-NVTHQ nhằm làm rõ cách thức xử lý tiền thuế GTGT nhập khẩu nộp thừa. Đây là văn bản hướng dẫn cụ thể cách giải quyết khi doanh nghiệp phát sinh số tiền thuế, tiền chậm nộp hoặc tiền phạt đã nộp vượt quá nghĩa vụ thực tế.

1. Nguyên tắc xử lý thuế GTGT nhập khẩu nộp thừa

Theo Điều 60 Luật Quản lý thuế năm 2019, khi người nộp thuế có số tiền nộp lớn hơn nghĩa vụ thực tế (bao gồm tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt), thì có thể lựa chọn một trong ba cách xử lý:

• Bù trừ với khoản nợ thuế đang tồn tại, hoặc với nghĩa vụ thuế phát sinh trong lần nộp kế tiếp

• Đề nghị hoàn trả phần nộp thừa, nếu không còn nghĩa vụ thuế phải thực hiện

• Trường hợp đề nghị bù trừ, tiền chậm nộp sẽ không được tính trong khoảng thời gian từ ngày phát sinh nộp thừa đến khi cơ quan thuế xử lý bù trừ.

2. Thời gian giải quyết và thủ tục hoàn trả

Nếu người nộp thuế có yêu cầu được hoàn lại phần tiền nộp thừa, thì cơ quan quản lý thuế có trách nhiệm:

• Ban hành quyết định hoàn trả hoặc

• Có văn bản từ chối, nêu rõ lý do,trong vòng 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị hợp lệ.

3. Trách nhiệm và quy trình xử lý của cơ quan hải quan

Căn cứ quy định tại khoản 3 Điều 131 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung tại khoản 64 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC), cơ quan hải quan nơi phát sinh khoản nộp thừa sẽ:

• Kiểm tra dữ liệu khai báo điện tử, nếu hồ sơ chính xác thì xác nhận và tiếp nhận

• Trường hợp có sai lệch, phản hồi từ chối tiếp nhận hồ sơ qua hệ thống xử lý dữ liệu hải quan

• Với hồ sơ giấy, thực hiện kiểm tra, đối chiếu theo quy định pháp luật và phản hồi trong 08 giờ làm việc nếu không đủ điều kiện xử lý.

Trong trường hợp đủ điều kiện hoàn trả, cơ quan hải quan sẽ:

• Ban hành Quyết định hoàn trả theo mẫu số 09/QĐHT/TXNK Phụ lục VI

• Phối hợp Kho bạc Nhà nước thực hiện hoàn tiền

• Gửi thông báo cho cơ quan thuế quản lý để tiếp tục theo dõi việc kê khai điều chỉnh từ người nộp thuế.

4. Kê khai điều chỉnh và phối hợp với cơ quan thuế

Theo khoản 4 Điều 132 Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi bởi khoản 65 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC), sau khi được hoàn thuế, người nộp thuế cần thực hiện:

• Kê khai điều chỉnh số tiền thuế GTGT nộp thừa với cơ quan thuế đang quản lý doanh nghiệp

• Trách nhiệm phối hợp giữa cơ quan hải quan và cơ quan thuế được nhấn mạnh nhằm đảm bảo quá trình hoàn và điều chỉnh thuế được thống nhất, minh bạch.

Căn cứ các quy định pháp luật hiện hành, cơ quan hải quan có trách nhiệm xử lý phần thuế GTGT nhập khẩu nộp thừa theo đúng trình tự quy định tại Luật Quản lý thuế 2019, Thông tư 38/2015 và Thông tư 39/2018. Doanh nghiệp cần chủ động theo dõi, kiểm tra tình trạng nộp thuế để kịp thời thực hiện các thủ tục đề nghị hoàn hoặc khấu trừ.

Từ 1/7/2025: Hàng hóa nhập khẩu rồi xuất khẩu không còn được hoàn thuế GTGT theo Nghị định 181?

Theo quy định tại Điều 29 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 1/7/2025, chính sách hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu có sự thay đổi quan trọng, đặc biệt liên quan đến hàng hóa nhập khẩu rồi xuất khẩu.

1. Nguyên tắc chung về hoàn thuế GTGT với hàng hóa xuất khẩu

Doanh nghiệp có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trong tháng hoặc quý – nếu phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên – thì sẽ được xét hoàn thuế GTGT theo kỳ tháng hoặc quý. Tuy nhiên, chính sách này không áp dụng đối với một số loại hàng hóa xuất khẩu, cụ thể như dưới đây:

Nghị định quy định rõ: Không thực hiện hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa được doanh nghiệp nhập khẩu vào Việt Nam, sau đó tiếp tục xuất khẩu nguyên trạng (bao gồm cả trực tiếp xuất khẩu hoặc ủy thác xuất khẩu).

• Đây là trường hợp hàng hóa không trải qua quá trình gia công, sản xuất hoặc chế biến tại Việt Nam, mà chỉ làm trung gian xuất – nhập.

• Tuy nhiên, cần phân biệt rõ: trường hợp nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất hoặc gia công hàng xuất khẩu vẫn được hoàn thuế như thông thường.

2. Một số đối tượng được hoàn thuế trong xuất khẩu

Ngoài quy định loại trừ nêu trên, Nghị định cũng xác định rõ các trường hợp xuất khẩu hợp lệ để được hoàn thuế, bao gồm:

• Doanh nghiệp ủy thác xuất khẩu là bên có hàng ủy thác

• Doanh nghiệp nhận gia công chuyển tiếp ký hợp đồng gia công với bên nước ngoài

• Doanh nghiệp xuất khẩu hàng hóa để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài

>> Có thể bạn quan tâm: Hướng Dẫn Thủ Tục Nộp Thuế Điện Tử Qua Cổng Thanh Toán Điện Tử Hải Quan Theo Thông Tư 51/2025/TT‑BTC

Hồ sơ, thủ tục áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% năm 2025 theo Thông tư 69/2025/TT-BTC

Theo Điều 4 Thông tư 69/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính, quy định về hồ sơ và thủ tục áp dụng thuế suất thuế giá trị gia tăng (GTGT) 0% được xác định rõ ràng theo hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT 2024. Cụ thể:

1. Căn cứ xác định đối tượng áp dụng thuế suất 0%

Để xác định chính xác hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng được áp dụng thuế suất 0, người nộp thuế phải đối chiếu các quy định tại:

• Khoản 1 Điều 9 Luật Thuế GTGT năm 2024

• Điều 17 Nghị định 181/2025/NĐ-CP (có hiệu lực từ ngày 01/7/2025)

2. Trách nhiệm cung cấp hồ sơ khi có yêu cầu

Trong quá trình thanh kiểm tra hoặc khi có yêu cầu từ cơ quan quản lý thuế, người nộp thuế phải cung cấp đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh việc đáp ứng điều kiện để được áp dụng thuế suất 0%. Hồ sơ này phải tuân thủ theo hướng dẫn tại:

• Điều 18 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, quy định cụ thể các điều kiện để được hưởng thuế suất thuế GTGT 0%.

3. Trường hợp xuất khẩu qua sàn thương mại điện tử và các tình huống đặc thù

Đối với những trường hợp đặc biệt như: Hàng hóa xuất khẩu thông qua sàn thương mại điện tử ở nước ngoài, hoặc các mô hình giao dịch đặc thù khác, người nộp thuế cũng phải chuẩn bị và xuất trình hồ sơ chứng minh điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào, nếu được yêu cầu.

Căn cứ pháp lý áp dụng là Điều 27 và Điều 28 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, trong đó nêu rõ yêu cầu về chứng từ, hóa đơn, phương thức thanh toán và các điều kiện liên quan đến xuất khẩu.

Công văn 15428/TCHQ-NVTHQ là văn bản quan trọng, tạo hành lang pháp lý rõ ràng cho doanh nghiệp trong việc xử lý thuế GTGT nhập khẩu nộp thừa. Việc áp dụng đúng quy trình hoàn thuế không chỉ giúp giảm thiểu rủi ro tài chính mà còn thể hiện sự chuyên nghiệp trong quản trị thuế của doanh nghiệp.

Đặc biệt, khi thực hiện các thủ tục qua cổng thông tin điện tử hải quan, doanh nghiệp nên sử dụng chữ ký số hợp lệ, như FastCA, để đảm bảo hồ sơ được xác thực nhanh chóng, đúng pháp lý và hạn chế bị trả hồ sơ do lỗi kỹ thuật. Hiện nay FastCA đang có ưu đãi lên đến 30% cho khách hàng, đăng ký ngay để được tư vấn: https://khuyenmai.fastca.vn/nha-cung-cap-chu-ky-so-fastca

Công ty Cổ phần chữ ký số FastCA

Địa chỉ: Tầng 3, tòa nhà Dolphin Plaza, số 28 Trần Bình, Phường Từ Liêm, Thành phố Hà Nội, Việt Nam

Email: info@fastca.vn

Zalo OA: https://zalo.me/4027431816324838319

Website: https://fastca.vn/