Việc lập và xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN đúng thời điểm, đúng mẫu không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ quy định pháp luật mà còn hỗ trợ cá nhân quyết toán thuế thuận lợi. Bài viết dưới đây sẽ hướng dẫn chi tiết cách xuất và lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN. Tìm hiểu ngay!
Quy trình lập và xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN chi tiết
Để thực hiện việc xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN một cách chuyên nghiệp và tránh sai sót, đơn vị chi trả thu nhập cần tuân thủ các bước nghiệp vụ trên phần mềm chứng từ điện tử. Dưới đây là lộ trình cụ thể:
Bước 1: Đăng ký sử dụng chứng từ
Trước khi thực hiện xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử theo quy định tại Khoản 21 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP, tổ chức hoặc cá nhân chi trả thu nhập cần đăng ký sử dụng chứng từ điện tử với cơ quan thuế theo mẫu số 01/ĐKTĐ-CTĐT.
Quy trình đăng ký thường gồm các bước:
- Khởi tạo tờ khai đăng ký sử dụng chứng từ điện tử.
- Điền đầy đủ thông tin trên tờ khai, ký số và gửi hồ sơ đến cơ quan thuế.
- Theo dõi trạng thái xử lý hồ sơ cũng như lịch sử truyền nhận với cơ quan thuế.
Bước 2: Tạo mẫu chứng từ
Bước 2.1: Tạo chứng từ mẫu
Để tạo mẫu chứng từ Người sử dụng truy cập Hệ thống/Tạo mẫu hóa đơn/Thêm hóa đơn mẫu.

Đơn vị lựa chọn:
- Loại Thông tư: Chọn Thông tư 78.
- Loại HĐ: Chọn Chứng từ khấu trừ thuế.
Sau đó, ấn icon Tìm Kiếm để hệ thống hiển thị mẫu chứng trên kho mẫu có sẵn.

Bước 2.2: Tùy chỉnh mẫu chứng từ
Màn hình tùy chỉnh chứng từ có dạng như hình bên dưới:

Hệ thống cho phép người sử dụng chỉnh sửa các thông tin hiển thị trên chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, bao gồm: Mẫu số; Ký hiệu; Tên doanh nghiệp; Mã số thuế; Địa chỉ; Số điện thoại; Email; Fax; Website; Ngân hàng; Tài khoản; …
Sau khi hoàn tất tùy chỉnh đơn vị bấm Lưu thông tin để hệ thống lưu thao tác và cập nhật mẫu chứng từ.
Bước 2.3: Áp dụng hóa đơn
Mẫu chứng từ sau khi ấn Lưu sẽ được lưu vào danh sách mẫu hóa đơn trong thư mục Hệ Thống/ Tạo mẫu hóa đơn.

Để áp dụng mẫu chứng từ đơn vị chọn Icon Cài đặt và tích chọn Áp dụng.

Lưu thông tin Màn hình xuất hiện thông báo xác nhận, chọn “Đồng ý”.

Sau khi hoàn tất thao tác, NSD có thể sử dụng mẫu chứng từ thuế TNCN.
Bước 3: Lập chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân
Sau khi hoàn tất thiết lập, kế toán bắt đầu thực hiện cách lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN thông qua các phương thức linh hoạt tùy theo nhu cầu của doanh nghiệp:
Cách 1: Tải file chứng từ khấu trừ thuế TNCN lên phần mềm
Hướng dẫn lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN bằng cách tải file thông tin lên phần mềm. Tại mục Chứng từ chọn mục Lập mới CTKTT.

Chọn loại thông tư rồi chọn mẫu chứng từ đã tạo. Sau đó click vào ô tải file mẫu → Chọn file → Nhấn Tạo chứng từ.

Doanh nghiệp cần tải file mẫu từ hệ thống, nhập đầy đủ dữ liệu vào file rồi tải lại lên phần mềm để xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN. Trong trường hợp chưa có file mẫu, có thể liên hệ đơn vị cung cấp phần mềm để được hỗ trợ.
Khi thực hiện nhập khẩu, nên ưu tiên sử dụng file mẫu của hệ thống để đảm bảo dữ liệu chính xác và phù hợp với các chỉ tiêu trên mẫu chứng từ hiện hành. Nếu doanh nghiệp đã có sẵn dữ liệu từ nguồn khác thì vẫn có thể sử dụng file riêng để tải lên.
Trong quá trình nhập dữ liệu cần lưu ý:
- Các trường có dấu “*” là thông tin bắt buộc.
- Mã phòng ban, quốc tịch, loại giấy tờ, nơi cấp phải nhập đúng theo danh mục quy định.
- Khoản thu nhập có thể chọn từ danh mục có sẵn hoặc tự khai báo mới.
- Nếu cá nhân chưa có mã số thuế thì cần nhập số CCCD, CMND hoặc hộ chiếu cùng ngày cấp, nơi cấp.
- Chỉ thực hiện nhập khẩu cho người lao động đang sử dụng hoặc chưa có hồ sơ trên hệ thống.
- Không nhập khẩu đối với người đã ngừng sử dụng hoặc đã bị xóa khỏi dữ liệu.
Trường hợp lập dữ liệu cho người đã có hồ sơ, doanh nghiệp chỉ cần nhập mã người nộp thuế. Các thông tin còn lại như họ tên, mã số thuế, quốc tịch hoặc giấy tờ tùy thân sẽ được hệ thống tự động lấy lên. Điều này giúp cách xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN trở nên nhanh chóng và hạn chế sai sót khi nhập liệu.
Cách 2: Lập từng chứng từ khấu trừ thuế TNCN
Cách lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử theo từng lần. Tại màn hình giao diện phần mềm đơn vị chọn Chứng từ khấu trừ thuế/ Lập mới CTKTT.
Đơn vị chọn các thông số tạo chứng từ như:
- Loại thông tư: TT78.
- Chứng từ mẫu: Chọn mẫu và chọn đúng mẫu chứng từ đã tạo kí hiệu CTT56 và năm hiện hành.

Nhập tay thông tin tại mục Thông tin thuế TNCN khấu trừ. Sau đó Lưu và ký là hoàn thành.

Cách 3: Lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN từ phần mềm xCyber Bill
Theo Tổng Cục Thuế, từ ngày 01/07/2022 Cơ quan Thuế sẽ không cấp Chứng từ khấu trừ thuế TNCN giấy mà các tổ chức chi trả thu nhập phải chuyển sang sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử. FastCA sẽ hướng dẫn cách lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN trên phần mềm xCyber Bill như sau:
*** Tạo mới chứng từ thuế TNCN
Tại màn hình giao diện phần mềm đơn vị chọn Chứng từ khấu trừ thuế/ Lập mới CTKTT.

Đơn vị chọn các thông số tạo chứng từ như:
- Loại thông tư: TT78.
- Chứng từ mẫu: Chọn mẫu và chọn đúng mẫu chứng từ đã tạo kí hiệu CTT56 và năm hiện hành.

Sau khi chọn xong các thông số đơn vị ấn Tạo chứng từ.
Đơn vị nhập chi tiết thông tin cho chứng từ. Những trường thông tin có dấu (*) là các trường thông tin bắt buộc đơn vị phải nhập đầy đủ.

Lưu ý:
- Số CMND/CCCD/Hộ chiếu là bắt buộc khi không nhập mã số thuế người nộp thuế!
- Khoản thu nhập có định dạng ký tự và là thông tin bắt buộc.
- Thời điểm và thu nhập có định dạng số và là thông tin bắt buộc.
- Tổng thu nhập tính thuế là số và là thông tin bắt buộc.
- Số thuế thu nhập cá nhân khấu trừ là số và là thông tin bắt buộc.
- Số thuế là thông tin bắt buộc.
- Số thu nhập cá nhân còn được nhận là thông tin bắt buộc.
- Email người nộp thuế không được để trống do đang cấu hình tự động gửi mail khi ký chứng từ.
Sau khi nhập đầy đủ thông tin đơn vị ấn Lưu để lưu lại thông tin chứng từ thuế TNCN vừa tạo.

VD: Dưới đây là hình ảnh mẫu tạo mới chứng từ khấu trừ thuế TNCN để đơn vị có tham khảo.

Khi người dùng ấn Lưu hệ thống sẽ tự động lưu Chứng từ thuế TNCN tại Chứng từ khấu trừ thuế/ Danh sách CTKTT, người dùng chọn thao tác Xem tại cột Hành động để xem lại Chứng từ thuế TNCN vừa tạo.

*** Ký chứng từ khấu trừ thuế TNCN
Sau khi kiểm tra kỹ chứng từ không còn sai sót đơn vị kéo xuống dưới ấn nút Ký để ký chứng từ điện tử.

Lưu ý: Phần chứng từ khấu trừ thuế TNCN không phải là hóa đơn nên sẽ không có MÃ của cơ quan thuế.
Đơn vị ký chứng từ xong là có thể sử dụng được.
Bước 4: Theo dõi trạng thái chứng từ với Cơ quan thuế
Theo dõi trạng thái chứng từ tại cột trạng thái.

Bước 5: Gửi email chứng từ cho nhân viên
Đối với các Chứng từ khấu trừ thuế đã ký, hệ thống hỗ trợ người sử dụng gửi Email thông báo tới đối tượng nộp thuế.
Người sử dụng truy cập đường dẫn Chứng từ/Danh sách CTKTT. Tại mục Hành động chọn icon Hình bao thư.

Đơn vị nhập địa chỉ email của cá nhân nhận chứng từ khấu trừ thuế và ấn Gửi email.

Thời điểm lập và thời điểm xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN
Việc xác định đúng thời điểm là yếu tố then chốt khi thực hiện cách lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN và xuất chứng từ nhằm tránh các vi phạm về chậm nộp hoặc sai lệch kỳ tính thuế.
Theo Điều 31 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, được sửa đổi tại khoản 17 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP như sau:
Thời điểm lập chứng từ
- Tại thời điểm khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, thời điểm thu thuế, phí, lệ phí, tổ chức khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, tổ chức thu thuế, phí, lệ phí, phải lập chứng từ, biên lai giao cho người có thu nhập bị khấu trừ thuế, người nộp các khoản thuế, phí, lệ phí.
- Thời điểm ký số trên chứng từ là thời điểm tổ chức, cá nhân khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, tổ chức thu thuế, phí, lệ phí điện tử sử dụng chữ ký số để ký trên chứng từ điện tử được hiển thị theo định dạng ngày, tháng, năm của năm dương lịch.
Theo đó, thời điểm lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN và thời hạn xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN được xác định là thời điểm phát sinh việc khấu trừ thuế thu nhập cá nhân của người lao động hoặc cá nhân nhận thu nhập.
Ngoài ra, thời điểm ký số trên chứng từ điện tử là thời điểm tổ chức hoặc cá nhân thực hiện khấu trừ thuế sử dụng chữ ký số để ký trên chứng từ. Thời gian ký số sẽ được hiển thị theo ngày, tháng, năm dương lịch và là căn cứ xác định thời điểm phát hành chứng từ điện tử hợp lệ.
Việc nắm vững quy trình và cách lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ đúng pháp luật mà còn thể hiện sự chuyên nghiệp trong quản trị nhân sự. Hy vọng qua bài hướng dẫn này, quý doanh nghiệp đã có cái nhìn rõ nét về cách xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử một cách hiệu quả nhất.
