Ngày 22/09/2025, Cục Thuế đã ban hành Công văn 3976/CT-CS nhằm hướng dẫn về chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với dự án đầu tư mới. Đây là văn bản giải đáp thắc mắc của doanh nghiệp trong quá trình áp dụng ưu đãi thuế, đồng thời khẳng định lại nguyên tắc tính thuế theo luật hiện hành.
Công văn 3976/CT-CS – Hướng dẫn mới về ưu đãi thuế TNDN
Ngày 22/9/2025, Cục Thuế đã ban hành Công văn số 3976/CT-CS liên quan đến việc áp dụng chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) cho các dự án đầu tư mới. Văn bản này cung cấp hướng dẫn cụ thể nhằm giúp doanh nghiệp hiểu rõ hơn về điều kiện và cách áp dụng ưu đãi thuế.
Cụ thể, Công văn 3976/CT-CS dẫn chiếu quy định tại khoản 1 Điều 14 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2008, đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 8 Điều 1 Luật Thuế TNDN sửa đổi năm 2013, trong đó nêu rõ nguyên tắc áp dụng chính sách ưu đãi thuế TNDN.
Ưu đãi về thời gian miễn thuế, giảm thuế
- Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới quy định tại khoản 1, điểm a khoản 2 Điều 13 của Luật này và doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao được miễn thuế tối đa không quá bốn năm và giảm 50% số thuế phải nộp tối đa không quá chín năm tiếp theo.
…
Theo khoản 3 điều 16 Nghị định 218/2013/NĐ-CP sửa đổi bởi khoản 6 điều 1 Nghị định 91/2014/NĐ-CP:
Miễn thuế, giảm thuế
….
- Miễn thuế 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo đối với thu nhập từ thực hiện dự án đầu tư mới quy định tại khoản 3 Điều 15 Nghị định này và thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới tại khu công nghiệp (trừ khu công nghiệp nằm trên địa bàn có điều kiện – kinh tế xã hội thuận lợi).
Địa bàn có điều kiện – kinh tế xã hội thuận lợi quy định tại Khoản này là các quận nội thành của đô thị loại đặc biệt, đô thị loại I trực thuộc trung ương và các đô thị loại I trực thuộc tỉnh, không bao gồm các quận của đô thị loại đặc biệt, đô thị loại I trực thuộc trung ương và các đô thị loại I trực thuộc tỉnh mới được thành lập từ huyện kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2009; trường hợp khu công nghiệp nằm trên cả địa bàn thuận lợi và địa bàn không thuận lợi thì việc xác định ưu đãi thuế đối với khu công nghiệp căn cứ vào vị trí thực tế của dự án đầu tư trên thực địa. Việc xác định đô thị loại đặc biệt, loại I quy định tại Khoản này thực hiện theo quy định của Chính phủ quy định về phân loại đô thị.
Khoản 4 Điều 20 Nghị định 31/2021/NĐ-CP đã quy định:
Nguyên tắc áp dụng ưu đãi đầu tư
….
-
Mức ưu đãi cụ thể đối với dự án đầu tư quy định tại các khoản 1, 2 và 3 Điều này được áp dụng theo quy định của pháp luật về thuế, kế toán và đất đai.
Dựa trên các quy định hiện hành, pháp luật thuế thu nhập doanh nghiệp không quy định ưu đãi thuế TNDN đối với dự án đầu tư tại Khu công nghiệp theo mức áp dụng cho địa bàn có điều kiện kinh tế – xã hội khó khăn.
- Về việc xác định dự án được hưởng ưu đãi: Cục Thuế đã ban hành Công văn số 1258/CCTKV04-QLDN1 ngày 19/5/2025 để hướng dẫn cụ thể.
- Về chính sách ưu đãi thuế TNDN tại Khu công nghiệp: Doanh nghiệp có thu nhập từ hoạt động của dự án đầu tư mới trong Khu công nghiệp không được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo mức ưu đãi dành cho địa bàn có điều kiện kinh tế – xã hội khó khăn.
Ưu đãi thuế suất TNDN 10% trong 15 năm từ 01/10/2025 được quy định như thế nào?
Doanh nghiệp được áp dụng thuế suất thuế TNDN 10% trong thời hạn 15 năm kể từ ngày 01/10/2025 theo quy định tại khoản 1 Điều 13 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025. Cụ thể, các trường hợp được áp dụng bao gồm:
- Thu nhập từ dự án đầu tư mới thuộc các ngành, lĩnh vực quy định tại các điểm a, b, c, d và đ khoản 2 Điều 12 Luật Thuế TNDN 2025, cũng như thu nhập theo quy định tại điểm e khoản 2 Điều 12.
- Thu nhập từ các dự án đầu tư được thực hiện theo điểm g và điểm h khoản 2 Điều 12 Luật Thuế TNDN 2025.
- Thu nhập phát sinh từ dự án đầu tư mới tại địa bàn ưu đãi theo điểm a khoản 3 Điều 12 Luật Thuế TNDN 2025.
- Thu nhập từ dự án đầu tư mới triển khai tại khu công nghệ cao, khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, khu công nghệ số tập trung, hoặc tại khu kinh tế thuộc địa bàn ưu đãi thuế quy định tại các điểm a, b khoản 3 Điều 12 Luật Thuế TNDN 2025.
Trong trường hợp dự án đầu tư được triển khai tại khu kinh tế nhưng vị trí thực hiện vừa nằm trên địa bàn thuộc diện ưu đãi, vừa nằm trên địa bàn không được ưu đãi, thì Chính phủ sẽ quy định cụ thể cách xác định mức ưu đãi thuế áp dụng.
> Quan tâm ngay kênh Zalo OA của FastCA để cập nhật những thông tin mới nhất về Thuế, Kế toán và nhận những CTKM siêu hot nhé!
Các khoản thu nhập được miễn thuế TNDN từ 1/10/2025
Các khoản thu nhập được miễn thuế từ ngày 01/10/2025 được quy định tại Điều 4 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, bao gồm:
- Hoạt động sản xuất, khai thác trong lĩnh vực nông – lâm – ngư nghiệp:
- Thu nhập từ hoạt động đánh bắt hải sản.
- Thu nhập từ sản xuất sản phẩm nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản nuôi trồng, chăn nuôi, chế biến nông sản, thủy sản (kể cả trường hợp thu mua nông sản, thủy sản để chế biến) tại địa bàn có điều kiện kinh tế – xã hội đặc biệt khó khăn.
- Thu nhập của hợp tác xã và liên hiệp hợp tác xã từ hoạt động sản xuất, chế biến các sản phẩm nông – lâm – ngư nghiệp, cũng như sản xuất muối.
- Thu nhập của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã hoạt động trong các lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp tại địa bàn có điều kiện kinh tế – xã hội khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn.
- Thu nhập từ dịch vụ kỹ thuật phục vụ trực tiếp cho nông nghiệp, như giống cây trồng, vật nuôi, phân bón, thủy lợi, phòng trừ sâu bệnh và các dịch vụ khác gắn liền với sản xuất nông nghiệp.
- Thu nhập từ hoạt động khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo:
- Thu nhập từ hợp đồng nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ, chuyển đổi số và đổi mới sáng tạo.
- Thu nhập từ việc bán sản phẩm làm ra bằng công nghệ mới lần đầu áp dụng tại Việt Nam.
- Thu nhập từ sản phẩm trong giai đoạn sản xuất thử nghiệm (bao gồm cả sản xuất thử nghiệm có kiểm soát theo quy định pháp luật). Tuy nhiên, ưu đãi miễn thuế này chỉ áp dụng tối đa 03 năm.
- Thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ của doanh nghiệp có tối thiểu 30% lao động bình quân trong năm là người khuyết tật, người sau cai nghiện ma túy, người nhiễm HIV/AIDS và có số lao động bình quân từ 20 người trở lên, ngoại trừ doanh nghiệp trong lĩnh vực tài chính và kinh doanh bất động sản.
- Thu nhập từ hoạt động giáo dục nghề nghiệp hoặc đào tạo nghề dành riêng cho người dân tộc thiểu số, người khuyết tật, trẻ em có hoàn cảnh đặc biệt và đối tượng tệ nạn xã hội.
- Thu nhập được chia từ hoạt động góp vốn, mua cổ phần, liên doanh, liên kết với doanh nghiệp trong nước, sau khi đã thực hiện nghĩa vụ thuế TNDN, kể cả trong trường hợp bên nhận vốn hoặc liên doanh được hưởng ưu đãi thuế.
- Các khoản tài trợ nhận được để phục vụ cho giáo dục, văn hóa, nghệ thuật, từ thiện, nhân đạo và các hoạt động xã hội khác tại Việt Nam; tài trợ từ tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước không có quan hệ liên kết để phục vụ nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ, đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số; khoản hỗ trợ trực tiếp từ ngân sách nhà nước hoặc từ Quỹ hỗ trợ đầu tư do Chính phủ thành lập; cùng với khoản bồi thường của Nhà nước theo quy định pháp luật.
Lưu ý: Nếu doanh nghiệp sử dụng sai mục đích các khoản tài trợ này thì sẽ bị truy thu thuế và xử phạt theo quy định.
- Khoản chênh lệch phát sinh do đánh giá lại tài sản khi thực hiện cổ phần hóa hoặc sắp xếp lại doanh nghiệp mà Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ.
- Thu nhập từ việc chuyển nhượng chứng chỉ giảm phát thải, tín chỉ các-bon lần đầu sau khi phát hành; thu nhập từ tiền lãi trái phiếu xanh và từ chuyển nhượng trái phiếu xanh lần đầu sau phát hành.
- Thu nhập (bao gồm cả lãi tiền gửi ngân hàng, lãi trái phiếu Chính phủ, lãi tín phiếu kho bạc) khi thực hiện nhiệm vụ do Nhà nước giao, cụ thể:
- Ngân hàng Phát triển Việt Nam từ hoạt động tín dụng đầu tư phát triển và tín dụng xuất khẩu.
- Ngân hàng Chính sách xã hội từ hoạt động tín dụng cho người nghèo và các đối tượng chính sách.
- Công ty TNHH MTV quản lý tài sản của các tổ chức tín dụng Việt Nam.
- Các quỹ tài chính nhà nước và tổ chức khác hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận theo quyết định của Chính phủ hoặc Thủ tướng Chính phủ.
12. Phần thu nhập không chia của các cơ sở xã hội hóa trong lĩnh vực giáo dục, y tế và các lĩnh vực xã hội hóa khác được để lại để tái đầu tư, bảo đảm tỷ lệ tối thiểu theo quy định của Chính phủ; cùng với phần thu nhập hình thành quỹ chung không chia, tài sản chung không chia của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã theo Luật Hợp tác xã.
13. Thu nhập từ hoạt động chuyển giao công nghệ trong danh mục lĩnh vực ưu tiên, dành cho tổ chức, cá nhân tại địa bàn có điều kiện kinh tế – xã hội đặc biệt khó khăn.
14. Thu nhập của đơn vị sự nghiệp công lập từ việc cung cấp dịch vụ sự nghiệp công, bao gồm:
- Dịch vụ sự nghiệp công cơ bản, thiết yếu thuộc danh mục do cơ quan có thẩm quyền ban hành.
- Dịch vụ sự nghiệp công mà Nhà nước hỗ trợ, do chưa tính đủ chi phí trong giá dịch vụ.
- Dịch vụ sự nghiệp công tại địa bàn có điều kiện kinh tế – xã hội đặc biệt khó khăn.
15. Các nội dung chi tiết khác liên quan đến miễn thuế theo Điều 4 sẽ được Chính phủ hướng dẫn cụ thể.
Có thể bạn quan tâm:
>> Hướng Dẫn Chi Tiết Cách Tạm Nộp Thuế TNDN Quý Qua Mạng Năm 2025
Công văn 3976/CT-CS ngày 22/09/2025 đã hệ thống lại chính sách ưu đãi thuế TNDN cho dự án đầu tư mới, nhấn mạnh nguyên tắc miễn 2 năm và giảm 50% trong 4 năm tiếp theo, đồng thời lưu ý việc phân loại địa bàn để xác định đúng đối tượng được hưởng ưu đãi. Đây là cơ sở quan trọng giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro trong quá trình kê khai và quyết toán thuế.
Để thực hiện kê khai, nộp thuế điện tử và nộp công văn trực tuyến nhanh chóng, doanh nghiệp có thể sử dụng chữ ký số FastCA. Hiện FastCA đang triển khai chương trình khuyến mãi lớn trong Quý 4, hỗ trợ tối đa cho doanh nghiệp trong mùa quyết toán thuế. Xem ngay tại đây!
